提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
京台民众共庆元宵佳节******
中新网北京2月2日电 (记者 杜燕)农历癸卯兔年元宵佳节来临之际,来自北京西城、台湾高雄两地的民间艺术家、社区居民、里民送上形式多样的庆元宵节目演出,并在聊民俗、品元宵、猜灯谜等活动中传递感情、互致祝福。
2月2日,以“千树流彩华庭暖 两岸最美是团圆”为主题的2023年西城&高雄共庆元宵佳节交流活动在北京西城和台湾高雄同步举办,两地民众以视频连线方式共庆即将到来的元宵佳节。图为北京会场现场。中新社记者 田雨昊 摄今天,以“千树流彩华庭暖 两岸最美是团圆”为主题的2023年西城&高雄共庆元宵佳节交流活动在北京西城和台湾高雄同步举办,两地民众以视频连线方式共庆元宵佳节。本次活动由北京市台办指导,西城区台办、牛街街道、中华两岸人民和平交流协会共同主办。
在北京会场,来自民间艺术组织的杂技演员带来了技艺高超、惊险刺激的杂技,引来观众阵阵惊呼和掌声;具有传统风格的非物质文化遗产白猿通背拳、掷子表演,一招一式彰显中华武魂风采与品格。
在台湾会场,御天战鼓的表演气势雄壮、威风凛凛;喜憨儿公益打击乐器表演,节目精彩且颇具人文关怀意义。来自台湾地区的知名艺术家蔡俊章向两岸同胞展示祝贺画作《鸿兔大展》。
图为杂技演员在北京会场表演杂技。 中新社记者 田雨昊 摄本次活动特别邀请北京德胜企业家合唱团和来自高雄的刘启芳及志工团体,为观众带来了台湾校园歌曲《乡间的小路》。
交流活动还特别设置了聊民俗、品元宵、猜灯谜、抽奖等环节,两地民众在丰富多彩的活动中传递感情、互致祝福。
据悉,多年来,在北京市台办的指导下,北京市西城区打造了一系列对台文化交流品牌活动。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |